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前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要为水分、通气、温度光照三要素的调节，要保持适宜的温度、湿度、光照和控制通风量，温度要保持在22—26T，空气相对湿度要保持在85%—90%，初期以保温为主，白天拉开一层遮阳网，接受光照，避免日光直射，增加土壤温度，中午气温过高时，应开窗通风，喷水降温。在汉中约15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）气温上升，温差较大，白天注意降温，控制温度在22—28空气相对湿度要保持在90%—95%;晚间应放下薄膜减少温差。光照采用双层遮阳网控制，制造出闪烁型林下散射光。此阶段，菌原基生长较快，每2—3d要进行通风换气，灵芝对二氧化碳非常敏感，否则，会造成灵芝菌柄长、不开伞或畸形。在此期间要定苗修头，原基生长20d后海袋选留1株强势菌株，并对其上生长点进行修头，即修成马蹄形，利于商品外形一致，提高灵芝菌盖的商品率，一般次修完后10d，应再进行一次留株修头。
选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。选择环境良好的芝地选择芝场时，要求前茬没栽培过食用菌，同一块芝地上下茬隔2年以上，不同年份的2块芝地之间相距100m以上。环境质量符合NY5010-2002标准。采取措施防止基质变质适宜菌丝生长的段木块含水量是33%~48%，若原木砍伐时间较长，可于截段前或截段后浸水5~24h或加大填充用木屑的含水量。装袋后要尽快码袋灭菌，冬季装袋后到灭菌开始的时间间隔也不宜超过2d。注意一次性灭菌数量不宜太多（10000袋以内为宜），以免造成灭菌不彻底、基质变质，延长灭菌、接种时间，增加菌袋感染率。
加葡萄糖（处理③）。在基础配方中添加牛肉膏和蛋白胨后，虫草生长与只添加无机盐相比没有明显差别，推测牛肉膏和蛋白胨提供的主要营养物质———磷酸盐、碳源、氮源和维生素在磷酸二氢钾和硫酸镁存在的情况下已并非限制性因子，即达到了营养饱和。因此再添加并不能有促进生长作用，反而由于添加物质过多导致培养基缝隙过密，不利于出草。处理⑤和处理⑥的无机盐和葡萄糖添加量相等，但分别添加了牛肉膏和蛋白胨，虫草生长出现统计学差异，这可能是由于牛肉膏和蛋白胨分别添加导致培养基中C：N比例改变，牛肉膏中提供大量碳源，而蛋白胨提供大量氮源，而只有在合适的C：N前提下，虫草子实体才能正常生长[7]。在葡糖糖提供了足够碳源的基础上，培养基中添加蛋白胨更适合虫草生长。在大米培养基中只添加有机质（处理②），虫草的生长和只添加无机盐相当，因此，在实际生产中，性质稳定而价格较低的无机盐更为实用。段木熟料栽培灵芝生产工序多，菌棒污染原因多，每一个生产环节不注意都有可能造成芝棒污染。坚决杜绝不严格执行操作规程，完全凭经验、想当然地进行段木灵芝生产的做法。一般而言，在品种优良，菌种生长良好，段木基质适宜，灭菌彻底，接种操作规范，培养条件适合，菌木达到生理成熟，芝棒下地及田间管理到位的条件下，就能够生产出优质的灵芝产品。
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